福建农林大学：在闽宁合作的大背景下，福建农林大学与宁夏大学签订合作协议，本着“聚焦需求、优势互补、务求实效、共同发展”的原则，围绕宁夏特色农业现代化、生态环境保护与建设、脱贫攻坚等方面需求，重点在草畜、优质粮食、农产品加工、生态扶贫、生态环境治理、资源环境区域优势产业和技术以及优质教学资源共享领域，通过联合组织实施技术攻关、共建研发平台和基地，人才培养等多种形式，开展了多方面的合作。
      西北农林科技大学：该校是教育部直属全国重点大学，是国家“双一流”世界一流大学建设高校，和“985工程”、“211工程”重点建设高校。该校拥有动物基因组和基因功能团队、牛业科技创新团队、绒肉羊遗传改良与种质创新团队、动物营养与健康养殖科技创新团队、动物遗传资源评价保护与利用团队、动物基因组学团队和脂代谢与动物肉质遗传改良团队，平台好，站位高，引领全国家畜改良和开发利用方向。前期，马云教授团队与西北农林科技大学昝林森教授团队合作，在宁夏海原县建立了西部高端肉牛产业发展研究院，深入海原华润农业有限公司贾塘、草洼肉牛养殖基地考察调研，对企业当前生产管理上存在的问题进行了会诊和研讨，提出指导性意见建议。此外，宁夏大学张巧娥教授与昝林森教授团队合作申报了国家重点研发计划 “优质肉牛高效安全养殖技术应用与示范”项目。通过上述项目的实施，取得了阶段性成果，并与西北农林科技大学的奠定良好的合作基础。
中国农业大学：该校为教育部直属，中央直管副部级建制，水利部、农业农村部和北京市共建，位列世界一流大学建设高校、“985工程”高校，拥有“畜牧学”双一流学科、动物营养学国家重点开放实验室、农业部动物遗传育种学科群综合实验室、国家奶牛产业技术研发中心、国家肉牛产业技术研发中心和国家畜禽良种产业技术创新战略联盟，平台好，站位高，引领全国家畜改良和开发利用方向。近10年来，宁夏大学畜牧学科与国家奶牛产业体系首席张胜利团队合作，由宁夏大学史远刚教授主持岗位体系任务“国家奶牛遗传资源保存与评价（CARS-36）”，每年支助70万元；此外，史远刚教授团队还与国家肉牛首席专家曹兵海团队合作申报了宁夏回族自治区重点研发计划“优质肉牛精准化养殖技术研究与示范”，获620万元经费支持。前期这些项目的合作实施，为本平台的建设奠定了很好的基础，可为重点实验室建设提供草畜分子细胞工程育种技术创新与优势性状新品系培育、家畜胚胎工程及良种高效繁育等方面的研究方案和先进技术。
      宁夏农垦贺兰山奶业有限公司：该公司是自治区农业产业化重点龙头企业，目前拥有12个规模化国有奶牛场和2个国有控（参）股奶牛场，2010年评为农业部首批奶牛标准化示范场，2011年被评为“自治区农业产业化重点龙头企业”，“农业科技进步先进集体”，是首家通过自治区农业“AAAA”级标准化良好行为企业。该公司以良种奶牛养殖、优质牧草生产，优质鲜奶生产为主业，是宁夏重要的良种奶牛示范基地和优质奶源基地，是宁夏回族自治区农业产业化重点龙头企业。近年来农学院在以下几个方面开展合作：一是农垦可作为农学院教学科研实习基地，在教学实践的同时，为企业提供人才和科技支撑；二是农学院在奶牛疾病防控、遗传育种、牧场管理等方面对企业员工进行培训；三是联合成立并积极申报自治区级技术工程（检测）中心；四是联合申报国家级科研项目，合作建立自治区奶牛产业技术研发中心试验和推广基地，以及宁夏大学研究生培养与科技创新实践基地。
      宁夏壹泰牧业有限公司：该公司是西北规模最大的肉牛养殖基地，截止2015年5月公司肉牛存栏量突破6000头，目前总投资1.2亿元，以高档肉牛培育、优质肉牛繁育以及育肥为主要方向。目前为宁夏大学农学院教学科研实践基地，可以进行动物营养与饲料科学、动物遗传育种与繁殖学、动物生产等多学科科学研究和教学实习。科研上，与宁夏大学农学院史远刚教授课题组申报国家科技支撑计划项目，并且取得了很好的科研成果。
      宁夏中牧亿林畜产股份有限公司、宁夏壹加壹农牧股份有限公司：这2个公司与本实验室建设依托单位在多年前初就开展了实质性的合作，并建立了校级联合实验室。基于依托单位对基础研究与产学研融合带来的学科交叉所产生的优势互补，以及产学研一体化的发展前景，现进一步申报宁夏特色草食家畜遗传育种与资源高效利用重点实验室，开创一条具有本区特色的“草畜遗传育种基础研究与草畜资源高效利用有机融合”的畜牧学科重点实验室发展道路。